První díl čtvrté sezóny pokračuje přesně tam, kde skončila poslední epizoda série třetí - Atlantida se pohybuje volně ve vesmíru kvůli předčasném vystoupení z hyperprostoru. Nikdo neví, ve které části vesmíru se město nachází a ještě do toho je těžce zraněna dr. Weirová. McKay společně se Zelenkou...
Atlantida je stále ve volném vesmíru, proto se Rodney McKay snaží dokončit hyperprostorový generátor určený pro jumper. Pokud se to podaří, může Sheppard a jeho tým vniknout na domovskou planetu replikátorů, aby ukradli ZPM potřebné pro Atlantidu. To se podaří, všechno je v pořádku, avšak Rodney...
Ronon a Teyla jsou na návštěvě v jedné vesnici. Tam Ronon potká své tři kamarády ze Satedy. Dozvídá se od nich, že Wraithové pracují v nějakém tajném zařízení a že se snaží vypnout replikátorský útočný kód. Tomu by však bylo dobré zabránit, a tak Ronon přemluví pplk. Shepparda, aby se mise...
Tým pplk. Shepparda je na jedné planetě. Tu zkoumají hlavně kvůli Rodneymu, který si myslí, že by zde mohlo být něco důležitého. Všichni už jsou otráveni a chtějí se vrátit zpět na Atlantidu, ale McKay sleduje zvláštní známky energie. Zjistí se, že energii vydávají podivné krystaly rostoucí na...
Podplukovník Sheppard sedí zrovna v jumperu a vrací se zpět na Atlantidu. Povídá si přes vysílačku s Rodneym, najednou na něj však někdo začne střílet. Zkratují mu všechny systémy, hovor s McKayem je přerušen a John je i s jumperem unesen. John zjistí, že je na palubě antické lodi, kterou obývají...
McKay je sám v místnosti připoutaný ke stolu. Před sebou má tablet, ve kterém vidí sám sebe. Z něj zjišťuje, že se nedá nikomu věřit, obzvlášť ne vojákům a že má najít Teylu, která může pomoci, jinak spousta lidí zemře. Neví, kde je a kdo vlastně ta Teyla je. Atlantida je totiž zamořena Krisonskou...
Teyla a doktorka Kellerová cestují na Nový Athos, kde by měla Jennifer provést lékařskou prohlídku. Jenže naleznou jen prázdnou vesnici, nikde ani živáčka. Teyla si myslí, že její lidé byli napadeni a uneseni Wraithy. Chtějí se vrátit, ale pak zahlédnou členy primitivního bojového kmene Bola Kai....
Teyla chce od jednoho věštce zjistit, kam se ztratili Athoisané. Vydává se tedy Sheppardovým týmem na planetu, na které věštec žije. Jejich příchod je již očekáván a jsou zavedeni k věštci. Ten ukáže nevěřícímu Rodneymu budoucnost - tým je během jedné mise přepaden a zajat Wraithy. Jaképak to...
Rodney McKay a Radek Zelenka pořád zkoumají replikátorský kód, ale neví si s ním rady. Zelenku tedy napadne, že by měl Rodney napsat sestře, aby jim s tím pomohla. Nakonec se tedy McKay rozhodne Jeannie kontaktovat. Jenže její e-maily jsou sledovány a je záhy na to unesena. Rodney společně s Johnem...
Na Atlantidě už delší dobu nefunguje hvězdná brána. McKay a Zelenka se snaží bránu opravit, jenže jsou vyrušeni - do města spadne neznámý objekt. Sheppard trénuje boj s Rononem a je zraněn, než však dojde na ošetřovnu, tržná rána se mu zacelí. Nechá se vyšetřit, ale podle dr. Kellerové je v...
Replikátoři stále pokračují ve vyhlazování planet a McKay s Wraithem pracuje na deaktivaci útočného kódu. Daidalos s Apollem zatím za pomocí asgardských zbraní replikátorské lodě neutralizují. Replikátoři ale začínají ustupovat ke své domovské planetě, kde budou v přesile. McKay tedy přichází s...
Týden po bitvě s replikátory zachytí dálkové senzory Atlantis signál z opuštěné wraithské mateřské lodi. McKay si myslí, že se jedná o loď wraithského "přítele". Tým tedy letí jumperem na loď. Loď je skutečně opuštěná, ale je poškozená, a tak se Rodney dává hned do práce. John, ač ke své nelibosti,...
Rodney chce požádat Katie o ruku, a tak za ní přijde do botanické laboratoře. Ronon si při cvičení boje poranil ruku, proto jde za dr. Kellerovou na ošetřovnu. Plk. Carterová a dr. Zelenka společně nastupují do transportéru, aby se dostali do jiné části města. Teyla si přichází promluvit o svém...
John je společně s Rodneym na jedné planetě, kde je příjemně pohostí dvě mladé princezny. Požadují však po nich, aby doprovodili jejich mladší sestru ke starověkým ruinám, které určí, zda je mladá Harmony vhodná následnice trůnu. Při cestě však narazí na genijské vojáky, kteří chtějí Harmony zabít....
John Sheppard se od plukovníka Carterové dozvídá o úmrtí svého otce. Cestuje tedy společně s Rononem bránou z Atlantis na Zemi. Na pohřbu potká dívku, která ví až moc informací o tajném projektu s využitím nanitů. John a Ronon zjistí, že se na Zemi s nanity experimentovalo a že vznikla lidská forma...
Plukovník Carterová, Rodney McKay a dr. Jennifer Kellerová cestují na jednu planetu, aby přemluvili tamější obyvatelstvo k přestěhování na jinou část pevniny. V části, kde lidé bydlí, jsou totiž několikrát denně otřesy půdy. Na planetě dříve pobývali Genijové a využívali místní lid na těžbu nějaké...
I.O.A. si zve všechny mimozemské členy expedice na pohovor, který vede pan Coolidge, jenž nemá k cizincům důvěru. Teyla se už úspěšně vrátila, teď je řada na Rononovi. Carterová si myslí, že Ronon je impulzivní typ a tak pozve svého starého známého z SG1 Teal'ca, aby Rononovi poradil. Ten...
Teyla má sny o svém příteli, se kterým čeká dítě. Ten jí prostřednictvím vidin vzkazuje, aby ho nepřestala hledat. Proto se tým pplk. Shepparda vydává společně s Teylou do jedné vesnice, kde by mohly být vodítka k nalezení Athoisanů. Mezitím doktorka Kellerová informuje Carterovou o nové nemoci,...
Na Atlantis zkoumá doktorka Kellerová nezvyklé anomálie u dr. Carsona Becketta. Je totiž velmi nepravděpodobné, že by se jednalo o pravého Carsona, každý totiž ví, že umřel... Zjistí se, že Michael experimentoval s lidskou DNA a stvořil proto Beckettův klon. Michael s Teylou přistane na neobydlené...
Pplk. John Sheppard je na jedné planetě s týmem maj. Lorna. Zadá adresu Atlantis, projde bránou a nikde nikdo. Ztracené město Antiků je opuštěné a místo v moři leží v nekonečném oceánu písku. John se pokusí spojit s někým pomocí vysílačky. Nikdo se mu neozývá až najednou uslyší hlas Rodneyho. Jenže...