Po dočasném spojenectví s Wraithy musí expedice nějakým způsobem zastavit jejich mateřskou loď mířící k Zemi. Weirová proto nařídí zaútočit na ni Orionem a Daedalem. Avšak na lodi je stále Rodney s Rononem, ale i se Sheppardem, který ve své X-302 přežil u trupu lodi. A McKay přichází s plánem na...
Týmu se podaří úspěšně přemenit Wraithy zpět na lidi pomocí Beckettova retroviru a umístit je do stáze. V ní ale nemohou být drženi natrvalo. Tým se je proto rozhodne přemístit na neobydlednou planetu bez brány. Zde však někteří z bývalých Wraithů začínají tušit, že je něco v nepořádku a přestávají...
heppardův tým se setkává s Luciem Lavinem, velmi nepříjemným mužem, kterého však všichni v jeho vesnici velice zbožňují. Všichni, včetně jeho první manželky, na něm doslova "visí". Lucius se rozhodne obchodovat se svými léky, a proto odejde na Atlatnis, kde začne mít nečekaný vliv na členy...
Sheppardův tým se při misi dostane pod útok. McKayovi se podaří utéct na Atlantis, ale Sheppard, Teyla i Ronon jsou zajati vesničany. Ronon si uvědomí, že do této vesnice kdysi nechtěně přivedl Wraithy kvůli implantovanému sledovacímu zařízení. Vesničané chtějí Ronona vydat Wraithům, protože jim za...
Sheppardův tým navštěvuje další z antických základen, obývanou rasou Asuranů. Při odchodu týmu vůdce Asuranů Oberoth zjistí, že pocházejí z Atlantis. Nechá je tedy zajmout. Tým zjišťuje, že se Asurané vyvinuli z nanoviru, který Antikové vyvíjeli pro boj s Wraithy. Antikům se ale celý experiment...
Doktorka Elizabeth Weirová se probouzí v psychiatrické léčebně. Zde je jí řečeno, že vše počínajíc její expedice Atlantis je výplod její představivosti. Na Elizabeth je, jestli uvěří tomu, že je to skutečně pravda nebo ne...
Sheppardův tým je vlákán do léčky, z níž se podaří utéct všem kromě Shepparda, který je chycen Kolyou a uvězněn. Kolya později nechá Shepparda předvést a kontaktuje Atlantis. Chce provést výměnu - Ladona, vůdce Geniů za Shepparda. S tím však Weirová nesouhlasí, a tak Kolya dává pokyn Wraithovi,...
Rodney navštěvuje svou sestru Jeanie, která předčasem přišla na matematický důkaz, který by vyřešil problém s částicemi, který nastal při Projektu Arcturus. McKay Jeanie přesvědčí, aby s ním odešla na Atlantis. Zde se podaří úspěšně spustit komoru, která čerpá energii z alternativního vesmíru. Vše...
Tým pplk. Shepparda a dr. Beckett se vydává na záchrannou misi. Jeden z týmů, vedený mjr. Leonardem, se totiž nehlásí. Na planetě zachycuje McKay energetický signál, díky kterému objevuje záhadné wraithské zařízení. Tým také nalézá několik mrtvých Geniů, tři mrtvé členy Leonardova týmu a kameru se...
Při testu intergalaktického mostu objevuje McKay loď, která letí rychlostí světla. Podaří se mu ji kontaktovat a loď antického původu, s Antiky na palubě, začne zpomalovat. Loď má nefunkční hyperpohon, a tak Antikové požádají, aby je Daedalus přepravil na Atlantis. Zde lidem z expedice poděkují a...
Město pod vedením Antiků, ve kterém zůstal gen. O'Neill a Woolsey, napadli Replikátoři. Sheppardův tým společně s dr. Weirovou a dr. Beckettem se vydává i přes zákaz vrací zpět na Atlantis. McKay chce totiž využít Niama - replikátora kdysi ponechaného na oběžné dráze, ke zmražení všech...
Teyla začne mít zvláštní vidiny - vídá antickou ženu, mluvící divnou řečí a popáleného antického pilota. Později má vidiny i zbytek expedice. K městu se také začnou přibližovat stovky zdejších verlyb. McKay přichází na to, že tyto věci spolu souvisí. Verlyby se prostřednictvím těchto...
Sheppardův tým se vydává na planetu, na níž podle jednoho z Athosianů žije superhrdina, který chrání zdejší vesnici. Po příchodu ale členové týmu zjišťují, že tímto hrdinou je starý známý Lucius Lavin, který přišel na způsob, jak bez antického genu aktivovat osobní štít, a tak se stát...
Skupina vědců, vedená McKayem, prochází město a vypíná vše nepotřebné, co Antikové během svého pobytu aktivovali. U jednoho zařízení je však Rodney zasažen zvláštním energetickým výbojem. Zanedlouho poté zjišťuje, že má nové schopnosti - supersluch, ovládá telekinezi a dokonce může číst myšlenky....
Lornův tým narazí při misi na planetu, na níž objeví něco zajímavého - McKayův obličej na vlajce jedné ze dvou místích zemí. Planeta je totiž součástí antického sociologického experimentu, o kterém se McKay se Sheppardem domnívali, že je to hra, kterou začali po příchodu na Atlantis hrát. Svým...
Při průzkumu stanice, umístěné uvnitř malého měsíce, detekuje McKay po restartu zdejšího počítače známku života, i když zde předtím žádné nebyly. Rovněž zachytil energetický výkyv, velmi připomínající wraithskou transportní technologii. Známka života patří Herickovi, zástupci rasy, která...
Je neděle a všichni členové expedice mají díky návrhu dr. Heitmayerové volno. Elizabeth obědvá s jedním z vědců, Teyla se prochází po městě, Sheppard je s Rononem, McKay má schůzku s Katie Brownovou a Zelenka úspěšně poráží své šachové soupeře. Klid ale náhle přeruší exploze v jedné z částí...
Sheppardův tým, dr. Weirová a několik vědců hledá na dně oceánu geotermální vrtnou stanici, která by mohla sloužit jako alternativní zdroj energie. Na stanici vycítí Teyla přítomnost Wraithů, ale senzory žádné neodhalí. Pokusí se tedy s Wraithy spojit, aby zjistila, zda-li má pravdu. Je však...
Tým pplk. Shepparda se vydává prozkoumat osadu lidí z Taranis, bývalých obyvatel základny umístěné v supervulkánu, protože se již delší dobu nehlásí. V osadě zachytí McKay jen jedinou známku života v podzemních chodbách, které zde zbyly po dřívější rase. V chodbách naleznou mnoho těl zavražděných...
Daedalus pořídil snímky rozestavěných lodí, které by Asurané mohli použít k útoku. Země chce proto provést protiúder nukleárními hlavicemi. Ten je úspěšný, avšak zanedlouho poté přilétá k Atlantis satelit, jehož součástí je brána. Ta se aktivuje, a skrz bránu je vypálen energetický paprsek přímo na...